Sự nghiệp ban đầu

Ndombele được sinh ra ở Pháp với bố mẹ gốc Cộng hòa Dân chủ Congo.[3] Khi còn nhỏ, anh chơi tại FC Épinay Athlético. Sau đó, anh chuyển tới Brittany khi 14 tuổi để chơi cho Guingamp 3 mùa giải. Sau đó anh ký hợp đồng với SC Amiens, vừa bị xuống hạng. Anh đi thử việc ở nhiều câu lạc bộ nhưng không được chấp thuận.

Ndombele chơi 2 mùa giải cho đội trẻ của Amiens ở giải hạng 5 Pháp.

Lyon

Vào ngày 31 tháng 8 năm 2017, Ndombele chuyển đến chơi cho Lyon theo dạng cho mượn 1 năm. Lyon cũng bảo đảm một lựa chọn ký hợp đồng vĩnh viễn với giá 8 triệu euro, cộng với 250.000 euro tiền thưởng có thể và 20% lợi nhuận kiếm được nếu anh ta chuyển từ Lyon sang một câu lạc bộ khác.

Ndombele đã ra mắt thi đấu cho đội một của Lyon trong trận thua 2-0 ở Ligue 1 trước Paris Saint-Germain vào ngày 17 tháng 9 năm 2017; anh có mặt ở đội hình xuất phát và bị thay ra ở phút 72. Vào ngày 15 tháng 2 năm 2018, Ndombele đã ghi một bàn thắng (bàn thắng đầu tiên trong sự nghiệp thi đấu cho đội một của Lyon) ở phút thứ 46 trong chiến thắng trên sân nhà 3-1 của họ trước Villarreal CF ở vòng 32 trận lượt đi ở UEFA Europa League 2017–18.

Tottenham Hotspur

Vào ngày 2 tháng 7 năm 2019, Ndombele đã ký hợp đồng với Tottenham Hotspur trong một hợp đồng trị giá 65 triệu bảng, kéo dài 6 năm. Đây là mức phí chuyển nhượng kỷ lục của Tottenham.